阿利新藍是一種陽離子染料，它與酸性基團形成鹽后，可以使胞質(zhì)中的酸性粘多糖染成藍色，定位于胞質(zhì)內(nèi)。具體來說，阿利新藍與組織內(nèi)含有的陰離子基團如羧基和硫酸根的酸性粘液物質(zhì)形成不溶性復(fù)合物。在不同的pH值下，阿利新藍可以區(qū)分不同類型的粘液物質(zhì)。例如，在pH值為2.5時，組織內(nèi)的羧基電離，帶有一個負電荷，與阿利新藍中的陽離子形成鹽鍵，使帶有羧基的組織（如蛋白多糖/透明質(zhì)酸以及上皮酸性黏蛋白）染色。而在pH值為1.0時，組織內(nèi)的硫酸根電離，帶有一個負電荷，與阿利新藍中的陽離子形成鹽鍵，使帶有硫酸根的組織（如硫酸黏液物質(zhì)）染色。中性黏蛋白（如胃黏膜和Brunner腺體部位的中性黏蛋白）不能與阿利新藍反應(yīng)。